
拜谱生物正式推出基于化学蛋白质组学的衣康硝化作用修饰语蛋清组学产品,实现1000+玄之又玄度掩盖位点验出,不稳逆转经典爱情靶点,全方向位置生信进行分析解析靶点蛋白功能信息,发现新靶点,并提供从“遇到”到“校验”全操作流程提供服务,为深度理解衣康酸及其衍生物在不同疾病研究中的作用机制提供重要依据。
PART 1
01、实验操作环节
02、实际数据文件
03、经“点”复现
在监测动态数据中,排除若干论文资料中报导的经点靶点和衣康酸掩盖位点,如弟是一个被表明的衣康酸共价掩盖球蛋白质酶KEAP1,和糖酵解环路中的3个关键因素点酶如LDHA、GAPDH、ALDOA,、炎性小体组成的球蛋白质酶NLRP3和血细胞死亡具体步骤中的关键因素点球蛋白质酶RIPK3等,其质谱图下面图下图。
04、產品特征
1.重量质控
商业性的化活性朋友测试探针孵育、SDS-PAGE检查测量、WB印证、样板有关系性分享等甲乙双位置检查测量,保持大型项目结局可信度性。2.高特点质谱实验室设备网上平台
在Orbitrap Astral全新一批高识别质谱仪带动下,达成衣康碱化装饰位点及淀粉酶签别新纵深,助推器专业钻研新察觉到。3.全工艺流程一走式服务于
来源于拜谱生物工程落实的实验设计游戏平台,可出示“细胞系塑造培养→探头孵育→WB检查测量→高妙度衣康过酸掩盖检查测量→专有生信定量分析→指定位点PRM手机验证”全的流程服务项目,省时省功更省时。05、剖析的内容(位置)
06、软件应用角度
PART 2、论文参考文献分享一下
期刊论文一
国外英文大标题:Chemoproteomic profiling of itaconation by bioorthogonal probes in inflammatory macrophages(Journal of the American Chemical Society,Q1,2020)
繁体中文微信标题:炎症巨噬细胞中生物正交探针的化学蛋白质组学分析
的研究主要内容:本研究首次报道了基于衣康酸类似物OI,设计合成了适用于活细胞标记的衣康酸生物正交探针(ITALK),并实现了对炎症巨噬细胞中衣康酸修饰位点的直接鉴定。共鉴定出862个衣康酸化蛋白、1131个半胱氨酸位点,且存在18个赖氨酸和8个组氨酸的衣康酸修饰。这些修饰底物中包括了许多参与到炎症免疫响应和宿主防御相关调节通路中的关键蛋白,例如炎性小体、信号转导、转录和细胞死亡相关蛋白,暗示衣康酸可通过调节多种通路来影响巨噬细胞功能。作者们选取了几个新发现的修饰蛋白BRI3B、WIPI3和RIPK3并通过点突变实验对其修饰位点进行了验证。本研究为理解衣康酸在巨噬细胞炎症反应中的作用机制提供了丰富的数据支持。
(图源:Qin, Wei et al.,J Am Chem Soc. 2020)
资料二
英语翻译网站标题:4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation(Cell Reports,Q1,2023)
繁体中文大标题:4-辛基衣康酸通过阻断STING蛋白棕榈酰化来抑制其活性
探讨介绍:cGAS-STING轴在防御外来病原体和维持免疫稳态中起着至关重要的作用。虽然在了解巨噬细胞活化过程中发生的代谢变化方面已经取得了实质性的进展,但对这些代谢变化如何影响cGAS-STING轴却知之甚少。在这项研究中,作者确定衣康酸的衍生物4-辛基衣康酸(4-OI)抑制cGAS-STING的激活。此外,作者发现4-OI抑制cGAS-STING相关的抗病毒免疫反应和自身免疫性炎症。然而,作者发现内源性衣康酸不影响cGAS-STING激活,表明4-OI和衣康酸的功能不同。从机理上讲,研究发现4-OI直接烷基化STING上的Cys91,阻断STING棕榈酰化和寡聚化。4-OI对STING的烷基化代表了STING的另一种翻译后修饰(PTMs)。该研究的发现揭示了cGAS-STING功能通过4-OI烷基化进行调节的机制,并为不同类型PTMs之间的串扰提供了见解。
(图源:Su, Chaofei et al.,Cell Rep. 2023)
PART 3、装修案例研究策略
蛋白质的S-脂酰化(S-acylation)是指脂肪酸与半胱氨酸的巯基通过硫酯键相连。最典型的是棕榈酸,即S-棕榈酰化。催化这一反应的酶属于蛋白质酰基转移酶(protein acyltransferase,PAT)家族,含有DHHC(Asp-His-His-Cys)序列,所以称为DHHC-PAT。由于DHHC基序形成锌指结构域,因此编码这些酶的基因称为含锌指DHHC(zDHHC)。现已发现24种人类zDHHC基因,命名为zDHHC1- 24(无zDHHC10,有zDHHC11B)。这些zDHHC之间的底物亲和力和催化活性差异很大,其中zDHHC17和zDHHC13体现了有较强的底物综合程度,而zDHHC3和zDHHC7具有高效的S-酰化作用。
S-棕榈酰化通过两步机制进行(如下图)。第一步是DHHC基序中的半胱氨酸残基被来自棕榈酰-CoA的棕榈酸酰化,形成酰基酶中间体,这一步通常称为自棕榈酰化。第二步是将棕榈酰基部分转移到蛋白质底物中的半胱氨酸巯基上。
(图源:Anderson, Alison M et al.,NPJ Breast Cancer. 2016)
值得一提的是,在拜谱微生物衣康酸性反应突显组场地实测数值中,发现zDHHC13有3个半胱氨酸残基被衣康酸性反应装饰(下面的图)。不妨设想,zDHHC13的半胱氨酸残基被衣康酸烷基化,影响其自棕榈酰化,进一步影响其靶蛋白的棕榈酰化,进而影响相应的生物学功能,为相关机制机理研究提供新思路。
PART 4、拜谱总结ppt
用作TCA嵌套循环中的期间基础分解代谢率物,衣康酸缓解基础分解代谢率、免役细胞和支原体感染病变充分间的充分用途,为改善免役细胞支原体感染病变性妇科病毒可以具备了替换改善策略。衣康酸成分中的亲电性α,β-不饱合羧酸成分能对蛋清质上的活性酶类半胱氨酸残基来烷基化装饰(迈克尔增加体现),这个英译后装饰被成为“衣康酸装饰(itaconation)”,因而损害蛋清质技能,调节作用免役细胞回话和基础分解代谢率路径,为各种妇科病毒药材新产品研发可以具备新基本思路。拜谱生物作为国内领先的多组学公司,全新推出基于化学蛋白质组学的衣康过酸突显蛋清组学产品,在全流程高精密仪器和高特异性生物正交探针加持下,可实现高精度、高深度的一站式衣康酸化修饰组检测。另外,可搭配拜谱生物中医学或然一定量靶向疗法消化吸收组(QMT1000)或动能细胞代谢率靶点细胞代谢率组的产品对衣康酸及其类似物进行靶向绝对定量检测。多组学强强联手,有助于深入理解衣康酸化修饰的功能及其调控机制,为疾病机制机理研究提供科学依据,从而在指导靶向药物设计、疾病治疗等方面创造无限可能。欢迎咨询!
参照毕业论文
1. Qin W,Zhang Y,Tang H, et al. Chemoproteomic Profiling of Itaconation by Bioorthogonal Probes in Inflammatory Macrophages. J Am Chem Soc. 2020;142 (25):10894-10898. 2. Su C,Cheng T,Huang J, et al. 4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation. Cell Rep. 2023;42 (9):113040. 3. Anderson AM,Ragan MA. Palmitoylation: a protein S -acylation with implications for breast cancer. NPJ Breast Cancer. 2016;2:16028.