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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已表现出比较广泛的生物工程吸附性，还有抗肺部肿瘤和抗虫毒做用。大部分，三萜是借助甲羟戊酸途经合成视频的，并从先天藤本植物和细菌中分离出来。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上文章发表了一篇“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的学习整形论文。该学习表明三萜类氧化物野生虫草酸（GA）是凭借溶液培養的无柄野生虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的菌物变为呈现的。进行转录组和血清质组学技术性设备进一点深入研究无柄野生虫草菌丝体中DHT呈现2种野生虫草酸（GA）的长效机制，并据多个学技术性设备测量到的对比基因组和对比血清，推断DHT 菌物镶嵌 GA 的渠道。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录成分析和能力细分

确认对无柄野生灵芝念珠菌菌丝体对其进行转录组测序共能够67230个转录本和1429八个单人类dna组。在这个单人类dna组中，492被评定为差距把你想表示出来出来人类dna组（DEGs），这里面213个把你想表示出来出来上涨，279个把你想表示出来出来下降（图1A）。GO海洋生物聚集介绍后，DEGs可分成海洋生物期间（BP）、肿瘤生殖细胞的成分（CC）和分子构成工作（MF）3类。在BP类目中，会出现了前五个子类目：抗菌药溶解分解新陈细胞代谢率率率转化期间，醋酸钠盐分解新陈细胞代谢率率率转化期间和甲酸盐分解新陈细胞代谢率率率转化期间;而在CC类目中，肿瘤生殖细胞外区、突触和好体、突触构成是前五个亚类。这对MF类目，甲酸脱氢酶（NAD）催化渗透性、氧化物呈现酶催化渗透性和酸氨（或酰胺）接酶催化渗透性是前五个亚类目（图1B）。在DEGs的KEGG手机信号通道介绍中，前30条海洋生物聚集度非常高的手机信号通道有27条应属分解新陈细胞代谢率率率转化，这里面丁烷分解新陈细胞代谢率率率转化、乙醛酸盐和二羧酸盐分解新陈细胞代谢率率率转化、丙酸盐分解新陈细胞代谢率率率转化手机信号手机信号通道显著性海洋生物聚集（图1D）。

图1|转录多组分析和技能分类管理

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

经由对无柄虫草真菌感染菌丝体实施蛋清质组学介绍，总计确实了16,457种的难忘肽、2606种蛋清质和2588种化学发光法蛋清质。在域值|FC|>1.2和p<0.05的挑选能力下，将在2606种蛋清质中，94种被认定为地域的差异表答蛋清（DEPs），但其中的52种调涨，42种再降（图2A），图2C界面显现了地域的差异表答蛋清的聚类深入研究介绍热图。从GO介绍来谈，BP行业类型界面显现，大都数DEPs参与者冰醋酸盐拆解排泄历程、四环素拆解拆解排泄历程和食用的药物拆解拆解排泄历程。CC类DEPs在生殖体神经细胞外区、过氮化合物物酶体和微体中增长率更高，氮化合物还原系统酶特异性和甲酸脱氢酶（NAD）特异性在MF类中DEPs的比例图更高（图2B）。与转录组最后是类似的，KEGG径路介绍界面显现，很多DEPs在拆解排泄中含有，但其中的3条最含有的路经是光合海洋菌物中的碳比较固定、碳拆解排泄和MAPK数字信号径路（图2D）。还有，经由介绍GO数据文件库的CC对DEPs实施亚生殖体神经细胞地位介绍和注脚（图2E），DEPs常见分布点在生殖体神经细胞质（40.66%）、生殖体神经细胞膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），基础理论上是GAs海洋菌物获得的常见地理位置。

图2|营养物质质组的化学发光法定量分析和作用安全验证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为业物导出和较组得票率DEGs和DEPs设计制作了维恩图，有20个的差异表现DNA遗传（图3A）。对转录组和血清质组中E组和C组通用的DEGs/DEPs确定聚类算法定性数据分析，察觉到mRNA和血清质两者中有12个调涨DNA遗传和2个降低DNA遗传，DEGs及其全文翻译的DEPs表现质量呈正对应，特征提取Pearson的对应比率定性数据分析，在转录组和血清质组两者中判断到对应较高的对应性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）监测数据显现，E组和C组17个DEGs的表现层次相互影响偏态，进来9个为调涨DEGs，俩为降低DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表现市场需求与转录成分析数据保持一致。

图3|蛋白质组的降钙素原检测研究和功能键检验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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