在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

实验数据

1、从光敏培养教育细胞核中去除DNA化学交联球营养物质

为分离出来光热塑核氨基酸-DNA分手后复合物用以LC-MS探讨，作著研发了一大种转化纯化解决方案，可从DNA中去就算热塑核氨基酸，仅在强光照时确认直接性遗传基因组接触性丰度DNA热塑核氨基酸。用TRIZOL导入着色质并出掉入狱获的非热塑核蛋清，第二将其直接融掉以实行RNase消化不好不良。确认超声心动图复制粘贴所有核氨基酸热塑DNA的导入物，在硫氰酸胍中煮开转化，并在二氧化反应硅抽滤柱上激动洗洁以去就算热塑核氨基酸一直到搞定。确认核酸酶处里从DNA中放出光热塑核蛋清，并实行胰核蛋清酶消化不好不良用以LC-MS探讨。该技术起名为核氨基酸热塑DNA导入或XDNAX。

图1.蛋清质交连DNA分离出来或XDNAX标准流程图模板（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可之间触碰DNA的蛋白质图谱

将光热塑形式软件应用于MCF7人体细胞系，发觉了1,805种备选核核苷酸，表中1,191种产生于3个或一些次反复重复中。60%的DNA能够 用组含带核酸根据的GO批注，在匮乏核酸根据批注的核核苷酸质中，较大 的重大贡献出自核纤层核核苷酸，然后是参与性脱色质组建和人体细胞系裂变的核核苷酸质（图2）。

图2 . 可随便学习 DNA 的营养素质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3总的了DNA相互之间间功用组所蕴含的血清质-DNA软件界面基本收录的核苷酸交连肽。这也包括因此（1）球状DNA运用成分域、（2）DNA 运用周期性区（IDR）和（3）因此与的血清质（举列组血清运用血清）、RNA（举列剪接指数）或相转移区室（举列核仁血清）相互之间间功用而引起的氛围相似。

图3 . 可真接碰到 DNA的设计域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、一定量组织扰动这段时间内与DNA搭配的转录因素

雌肾上腺素营养素激酶α（ESR1）驻落到胞质溶胶中，甚至见到其配体，闪避易位到神经細胞系质，在哪里有它与表观遗传组中的单一空间区域配合以解锁单一的转录程序流程图。将血清饥饿的MCF7神经細胞系泄露于高含水量雌肾上腺素（10 nM 17β-雌二醇）44钟头，与模拟训练外理的对比神经細胞系对比鸟卵的DNA完美功效组（图4A）。这里面，雌肾上腺素激励后DNA完美功效组中的ESR1扩大了30倍（图4B）。总的我认为，在1,814个定量分析的营养素质-DNA完美功效中，约有9%信息显示出突破2倍的可观变换，并观擦到与ESR1有着完美功效的营养素如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌抗生素处里乳房增生癌上皮细胞 DNA 主动使用组的酶联免疫法较（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

个人心得体会

探析进到遗传遗传基因组的淀粉酶酶质以了解一下它是是如何被载入并付诸时间的，始终是科研课题的人员是一个太久的追。遗传遗传基因组可及性主要的以DNA为中心点的偏角开展探析，但，到现有 ，染料质妇科凝胶中的哪些问题淀粉酶酶质与DNA 发掘机械彼此之间的影响尚不非常清楚。使用的零间距光化学交联，可发掘DNA彼此之间的影响组中的大部份数淀粉酶酶质，XDNAX技术工艺将作为一个淀粉酶酶质-DNA彼此之间的影响探析的强劲方式。

拜谱总结ppt

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的蛋白质组学、修饰语组学、消化吸收组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

考生文献综述：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.